Przy sprzedaży nieruchomości jednym z podstawowych zagadnień jest ustalenie, czy transakcja podlega opodatkowaniu VAT, czy korzysta ze zwolnienia.
Wbrew pozorom samo naliczenie i zapłata VAT nie oznaczają, że transakcja została prawidłowo rozliczona. Jeżeli sprzedaż powinna być zwolniona z podatku, nabywca nie może odliczyć VAT wykazanego na fakturze. Sprzedawca może natomiast utracić prawo do odliczenia podatku od wydatków związanych ze sprzedażą. Co więcej, VAT wykazany na fakturze może nadal podlegać zapłacie na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
Kiedy można zrezygnować ze zwolnienia z VAT?
Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT sprzedaż budynków, budowli lub ich części jest co do zasady zwolniona z podatku, jeżeli następuje po upływie co najmniej dwóch lat od pierwszego zasiedlenia.
Ustawa pozwala jednak zrezygnować z tego zwolnienia i wybrać opodatkowanie transakcji.
Warunkiem jest, aby sprzedawca i nabywca byli zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni oraz złożyli zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania. Oświadczenie można złożyć przed dniem dostawy właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego albo bezpośrednio w akcie notarialnym. Musi ono również spełniać wymogi określone w art. 43 ust. 11 ustawy o VAT.
Co istotne, możliwość rezygnacji dotyczy zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10, a nie każdego zwolnienia przewidzianego dla sprzedaży nieruchomości.
Spór o treść oświadczenia w akcie notarialnym
Znaczenie tych wymogów dobrze pokazuje sprawa rozpoznana przez WSA we Wrocławiu w wyroku z 18 lipca 2024 r. (I SA/Wr 885/23).
Spółka sprzedała nieruchomość za 16,5 mln zł netto, powiększone o 23% VAT. W akcie notarialnym wskazano, że transakcja podlega opodatkowaniu i nie korzysta ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Nabywca zaakceptował cenę obejmującą podatek.
Organy podatkowe zakwestionowały jednak sposób rozliczenia. Uznały, że sprzedaż korzystała ze zwolnienia, a strony nie złożyły skutecznego oświadczenia o wyborze opodatkowania. W konsekwencji odmówiły sprzedawcy prawa do odliczenia VAT od nakładów inwestycyjnych na nieruchomość. Jednocześnie określiły podatek do zapłaty z tytułu faktur dokumentujących sprzedaż, stosując art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
WSA we Wrocławiu przyznał rację spółce. Sąd uznał, że przy ocenie skuteczności rezygnacji ze zwolnienia nie można pomijać rzeczywistej woli stron. Istotna była cała treść aktu notarialnego, a nie wyłącznie sposób sformułowania jednego oświadczenia.
W akcie wskazano, że transakcja podlega VAT. Cenę określono jako kwotę netto powiększoną o podatek, a nabywca zaakceptował te warunki. Zdaniem WSA okoliczności te jednoznacznie potwierdzały zamiar wyboru opodatkowania. Odmowa uznania tego wyboru byłaby przejawem nadmiernego formalizmu, sprzecznego z zasadą proporcjonalności.
Warto dodać, że sprawa dotyczyła transakcji z 2015 r. Wówczas przepisy nie przewidywały jeszcze wprost możliwości złożenia oświadczenia w akcie notarialnym. WSA uznał jednak, że również na gruncie wcześniejszych przepisów akt notarialny mógł skutecznie dokumentować wybór opodatkowania.
NSA: samo wskazanie, że sprzedaż podlega VAT, to za mało
Sprawa trafiła do NSA, który – według doniesień medialnych – wyrokiem z 14 października 2026 r. (I FSK 238/25) uchylił orzeczenie WSA.
Sąd zwrócił uwagę na różnicę między stwierdzeniem, że sprzedaż podlega VAT, a zgodnym oświadczeniem stron, że rezygnują ze zwolnienia i wybierają opodatkowanie. Zdaniem NSA samo stwierdzenie, że transakcja podlega opodatkowaniu VAT nie wystarcza, aby uznać, że obie strony złożyły zgodne oświadczenie wymagane przez ustawę.
Jak ograniczyć ryzyko przy sprzedaży nieruchomości?
Powyższe pokazuje, jak duże znaczenie może mieć treść jednego postanowienia aktu notarialnego.
Jeżeli strony zamierzają zrezygnować ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, powinny wyrazić to wprost. W akcie notarialnym należy jednoznacznie wskazać, że zarówno sprzedawca, jak i nabywca zgodnie rezygnują z tego zwolnienia i wybierają opodatkowanie dostawy.
Należy jednak pamiętać, że transakcja sprzedaży nieruchomości może podlegać innym zwolnieniom, z których nie można zrezygnować (art. 43 ust. 1 pkt 2, 9 i 10a ustawy o VAT).