Artykuł 28k ustawy o CIT określa kategorie podatników, do których nie stosuje się przepisów o ryczałcie od dochodów spółek (tj. estońskim CIT). Są to między innymi przedsiębiorstwa finansowe, instytucje pożyczkowe oraz podatnicy postawieni w stan upadłości lub likwidacji. Przepis obejmuje też określone przypadki związane z reorganizacjami.
Przez długi czas praktyka interpretacyjna była dla podatników korzystna. Dyrektor KIS przyjmował, że art. 28k dotyczy przede wszystkim momentu „wejścia” na estoński CIT. Jeżeli spółka była już opodatkowana ryczałtem, samo późniejsze wystąpienie okoliczności wskazanej w art. 28k nie oznaczało utraty prawa do tej formy opodatkowania.
Dobrym przykładem jest interpretacja z 21 października 2024 r., sygn. 0114-KDIP2-2.4010.449.2024.1.PK. Dyrektor KIS stwierdził w niej, że art. 28k nie znajduje zastosowania do spółki już opodatkowanej ryczałtem. Podobne stanowisko pojawiło się ponownie w interpretacji z 5 grudnia 2025 r., sygn. 0111-KDIB2-1.4010.404.2025.2.AS. W konsekwencji – przykładowo – otwarcie likwidacji albo upadłości spółki nie powodowało utraty prawa do stosowania estońskiego CIT.
Ministerstwo Finansów przedstawiło jednak odmienne podejście. W odpowiedzi z 20 sierpnia 2025 r. na interpelację poselską nr 10946, sygn. DD8.054.5.2025, MF uznało, że wyłączenia z art. 28k ust. 1 pkt 1-4 mają charakter bezwzględny. Mają więc zastosowanie zarówno do podatnika, który dopiero zamierza wybrać estoński CIT, jak i do spółki, która już jest nim opodatkowana.
Jeżeli w trakcie opodatkowania ryczałtem spółka zostanie – przykładowo – postawiona w stan likwidacji albo upadłości, to – zdaniem MF – od tego dnia nie może już stosować przepisów o estońskim CIT, a ostatnim dniem opodatkowania ryczałtem jest dzień poprzedzający takie zdarzenie.
W takim przypadku istnieje poważne ryzyko uznania, że estoński CIT od wszystkich niewypłaconych zysków, wypracowanych w okresie stosowania tej formy opodatkowania, staje się wymagalny w dniu poprzedzającym dzień zaistnienia jednego ze zdarzeń, np. otwarcia likwidacji lub upadłości. Taki wniosek można wyprowadzić z art. 28t ust. 3 ustawy o CIT. Oznaczałoby to obowiązek zapłaty estońskiego CIT już w przededniu postawienia spółki w stan likwidacji lub upadłości!
Z kolei – zdaniem MF – wyłączenie, o którym mowa w art. 28k ust. 1 pkt 5 i 6 ustawy o CIT (czynności restrukturyzacyjne), ma charakter tymczasowy i dotyczy podatników, którzy zamierzają wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek. Warto jednak odnotować, że wykonanie niektórych czynności restrukturyzacyjnych powoduje utratę prawa do skorzystania z estońskiego CIT na innej podstawie (art. 28l ustawy o CIT).